Қазақстан Республикасында терроризмге қарсы іс-қимыл адамның және азаматтың құқықтары мен бостандықтарын қамтамасыз ету және қорғау, террористiк қылмыстарды жасау салдарынан қауiп төнген адамдардың өмiрi мен денсаулығын, құқықтары мен заңды мүдделерін қорғау басымдығына негізделеді.
Сондай-ақ терроризмге қарсы іс-қимыл бірінші кезекте заңдылықты сақтау, терроризмге қарсы іс-қимыл шараларының террористік қауіп дәрежесіне мөлшерлес болуы, терроризмнің алдын алуға басымдық беру, террористік iс-әрекеттi жүзеге асырғаны үшiн жазаның болмай қалмайтындығы, терроризмге қарсы іс-қимылдың саяси, ақпараттық-насихаттық, әлеуметтік-экономикалық, құқықтық, арнайы және өзге де шараларының жүйелі болуы және оларды кешенді пайдалану сияқты негізгі ережелерді қамтиды.
Сонымен қатар, терроризмге қарсы іс-қимыл терроризмге қарсы операцияларды жүргiзу кезiнде тартылатын күштер мен құралдарға жедел басшылық жасауда дара басқару, терроризмге қарсы іс-қимылдың жария және жария емес әдістерінің ұштасуы, терроризмге қарсы операциялардың тактикасы, нысандары, әдістері, құралдары және қатысушыларының құрамы туралы мәліметтерге шектеулі қолжетімділікті қамтамасыз ету қағидаттарына негізделеді.